地表水等级评价
Surface Water Quality — GB 3838-2002按中国地表水环境质量标准对23项理化指标进行单因子评价，输出 I 至 V 类水质等级
地下水质量评价
Groundwater Quality — GB/T 14848-2017按中国地下水质量标准对93项指标进行评价，支持单因子与综合评分两种方法
单因子评价与 Nemerow 指数
Single-factor Index & Nemerow Pollution Index单因子评价 + Nemerow 综合指数，含 GB3838 与 WHO 饮用水两套分级
淡水富营养化评价
Trophic State Index & Trophic Level Index提供 Carlson TSI 和中国 TLI 两种方法，用于评价淡水营养状态和富营养化水平
河口营养状态综合评价
Assessment of Estuarine Trophic Status基于压力、生态响应和未来趋势，对河口与海湾生态系统营养状态进行综合评价
海域营养状态评价
Trophic Index根据叶绿素a、溶解氧饱和度偏差、溶解无机氮和总磷，评估近海和河口水域营养状态
海洋富营养化综合评价
Eutrophication Assessment Tool基于波罗的海海洋环境保护委员会方法，综合评估海域营养状态和达标情况
饮用水健康风险评价
Drinking Water Health Risk Assessment按美国环保署方法计算饮用水化学物质的致癌风险和非致癌健康风险
沐浴用水指示菌合规
Bathing Water Bacterial Compliance基于肠球菌与大肠杆菌等指示菌的沐浴用水微生物合规性评价
水质指数 WQI
Water Quality Index15参数水质指数模型，覆盖理化与离子指标的综合评价
沉积物化学质量评价
Sediment Chemical Quality支持地累积指数、富集因子、污染负荷、平均效应范围中值商和潜在生态风险等 5 种沉积物评价方法
重金属评价
Heavy Metal Evaluation三项重金属评价方法，内置世界卫生组织、欧盟和中国饮用水三套预置标准
栖息地完整性评价
Habitat Integrity Index从河岸带、河道结构、河床底质和栖息地多样性等方面综合评估样点生境状况
水文情势变化评价
Hydrologic Alteration Assessment比较参考期与受扰动期的流量过程差异，评估水文情势改变程度并输出等级
生态流态变化分析
Flow Duration Curve & Ecochange利用流量历时曲线计算年内或季节生态赤字与盈余，识别流态变化特征
基流分离与基流指数计算
Baseflow Index采用三种数字滤波方法分离基流，并计算基流指数
时间序列趋势分析
Mann-Kendall 趋势检验与 Sen 斜率估计面向多站点时间序列，输出趋势方向、显著性和变化幅度
功能群组成统计与可视化
Functional Group Composition & Visualization根据样点为行、物种为列的丰度表统计形态功能群（MFG）与生态策略（CSR）组成，并输出结果表格
多样性指数计算
Diversity Indices计算 Shannon、Simpson、Pielou、Margalef 等多样性指标
硅藻 16 项水质评价指数
Diatom Biotic Indices基于内置硅藻指数参考库计算 16 项常用硅藻指数，用于水质评价与对比
硅藻本地指数构建
Local Diatom Index Construction整合驱动因子识别、生态值计算、验证与导出等步骤，用于本地硅藻指数构建
浮游生物完整性评价
Planktonic Index of Biotic Integrity综合浮游植物与浮游动物指标，评估浮游生物完整性
底栖动物完整性评价
Benthic Biotic Integrity Assessment整合生物监测工作组评分（BMWP）、耐污值和功能摄食类群等指标，评估底栖动物群落完整性
周丛藻类完整性评价
Periphyton Index of Biotic Integrity根据周丛藻类的分类组成、群落结构和多样性等指标评估完整性
海洋底栖生物生态组评价
AZTI’s Marine Biotic Index根据五类生态组组成计算海洋生物指数，用于评价海洋底栖群落受扰动程度
海洋底栖生物敏感性评价
Benthic Quality Index根据物种敏感值和群落组成计算底栖质量指数，用于评价海洋底栖生态状态
海洋底栖生物扰动评价
Benthic Opportunistic Polychaetes Amphipods Index根据机会多毛类与端足类的相对比例，快速评估海洋底栖生物群落受扰动程度
鱼类完整性评价
Fish Index of Biotic Integrity根据鱼类群落组成、营养结构和耐受特征等指标评估完整性，支持两套评分体系
大型水生植物完整性评价
Macrophyte Index of Biotic Integrity根据保守度系数和群落结构指标，评估大型水生植物完整性